CFR Marfă este membru activ în următoarele organizaţii feroviare:

• Comunitatea Căilor Ferate şi a Companiilor de Infrastructură din Europa CER asigură o legătură profesională între instituţiile UE şi căile ferate membre ale căror interese le reprezintă.Uniunea Internaţională a Căilor Ferate UIC, organism care promovează cooperarea dintre căile ferate la nivel mondial şi  îndeplineşte activităţi de dezvoltare a transportului internaţional pe calea ferată, în special tehnice şi de decontare.
• Organizaţia de Colaborare a Căilor Ferate OCCF: Înfiinţată în anul 1956, OCCF are astăzi ca membri atât administraţii de căi ferate din ţări europene cât şi asiatice. Această organizaţie promovează dezvoltarea traficului internaţional feroviar, militând pentru crearea unui spaţiu unic de transport pe calea ferată în regiunea euroasiatică şi creşterea competitivităţii traseelor de transport feroviar transcontinentale.
• Comitetul Internaţional al Transporturilor Feroviare CIT – federaţie a companiilor feroviare şi navale, operatori de infrastructură şi transportatori auto. Reprezintă centru de competenţă a căilor ferate pentru legislaţia transportului internaţional feroviar şi reglementările sale de implementare şi constituie interfaţa căilor ferate dintre legislaţia privind transporturile şi aplicarea practică.
• Grupul Căilor Ferate din Sud-Estul Europei SERG, grup special al UIC înfiinţat în 1989 în Belgrad. Membrii sunt căile ferate din România, Bulgaria,Grecia, Turcia, Serbia şi Muntenegru, Albania şi Fosta Republica Iugoslavă a Macedoniei, Republica Srpska şi Moldova cu statut de observator. Scopul cooperării multilaterale este de dezvoltare a transportului feroviar în sud-estul Europei şi îmbunătăţire a legăturilor feroviare cu alte segmente ale pieţelor de transport din Europa şi Asia.
• INTERUNIT (Comitetul Internaţional de Coordonare a Transportului Combinat Rail – Road) este o asociaţie profesională din care fac parte societăţile de transport combinat cale ferată – şosea de tip UIRR şi întreprinderile feroviare care sunt acţionare la acestea.

Organizaţii Guvernamentale Internaţionale la care România este membru:

• Organizaţia Interguvernamentală pentru Transporturile Internaţionale Feroviare OTIF are rol de stabilire a unui regim uniform de transport între ţările membre.
• Comisia Economică a Organizaţiei Naţiunilor Unite pentru Europa CEE – ONU – la care România este membru. În comisia pentru transporturi participă atât reprezentanţi ai MTCT cât şi ai companiilor feroviare naţionale în funcţie de subiectele de pe ordinea de zi. CFR Marfă participă la grupurile de lucru din domeniile: transport intermodal, vamă, mărfuri periculoase, transport feroviar.
• Acordul european privind marile linii de transport internaţional combinat şi instalaţii conexe (A.G.T.C.) a fost încheiat la Geneva la 1 februarie 1991. România a aderat la acest acord prin adoptarea de către Parlament a Legii nr. 8 din 8 martie 1993.
• Acordul european privind marile linii internaţionale de cale ferată (A.G.C), semnat la 31 mai 1985. România a aderat la AGC prin adoptarea de către Parlament a Legii nr. 100 din 23 septembrie 1996 şi este cuprinsă în acord cu patru linii magistrale principale şi cu cinci linii complementare de legatură.

 Alte organizaţii în cadrul cărora colaborăm:

• Forum Train Europe FTE – forum pan-european pentru producţia, planificarea, coordonarea mersului de tren şi armonizarea internaţională a traselor feroviare în vederea alocării în traficul feroviar european.
• Rail Net Europe RNE – organizaţie a managerilor infrastructurii feroviare europene pentru facilitarea traficului pe infrastructura feroviară europeană.